L'automne est enfin là, et la fête de la longévité de l'école Kamome arrive à grands pas. Alors que Nene et sa classe se préparent pour leur comédie musicale, quelqu'un essaie de détruire le réceptacle du premier mystère de l'école. Ce qui devait être un joyeux festival tourne alors au cauchemar...

Après l'affrontement contre Numéro six, Kô retrouve la tranquillité de la vie quotidienne. Alors qu'il semble plus déterminé que jamais à poursuivre la voie des exorcistes, il retrouve Mitsuba, avec qui il avait été séparé lors de la grande rupture. Kô se réjouit de leurs retrouvailles, mais Mitsuba le prend de court avec une requête des plus inattendues...

La bande de Tsukasa entre en scène afin de tirer les ficelles !
Tsukasa envoie Nene dans le territoire de numéro six et lui confie la lourde tâche de détruire le réceptacle de ce dernier qui n'est autre que Sumire. Même s'il semble que ce soit le seul moyen pour qu'elle retourne dans son monde, Nene n'arrive pas à se résoudre à cette issue tragique et préfère partir en quête d'une autre solution. Sumire, de son côté, se retrouve nez à nez avec numéro six après avoir été séparé pendant un siècle...

Nene et Hanako ont été séparés depuis la rupture entre le monde des vivants et l'au-delà, mais les voilà enfin réunis ! Il est temps pour la jeune fille de confronter son ami fantôme. De son côté, Kô doit affronter son grand frère pour permettre à ses amis de se retrouver !

Nene a réussi à s'échapper de la grotte sous la Maison Rouge. Retrouvant Kô et le petit garçon, les deux amis comprennent qu'il s'agit  en fait d'une version plus jeune de Tsukasa, le frère d'Hanako.  L'origine de la tragédie familiale des Yugi est enfin dévoilée !  Pour secourir leurs amis bloqués de l'autre côté, ils devront  déjà parvenir à s'échapper de la Maison. Mais ce manoir maudit  ne compte pas laisser partir son jeune occupant si facilement...

À la suite de la fermeture de la frontière, l'au-delà et le monde des vivants ne sont plus reliés. Dans le but de retrouver leurs amis, Nene et Kô mènent l'enquête ! Malgré l'interdiction de Minamoto, les deux compagnons ont pénétré dans La Maison Rouge, réputée pour maudire toute personne qui ose fouler son sol. Une fois à l'intérieur, ils font la rencontre d'un enfant qui ressemble comme deux gouttes d'eau à Hanako...

Aoi, l'amie de Nene, est désormais prisonnière de l'autre monde. Une triste issue qui pourtant arrange bien Hanako qui voit là un moyen de prolonger l'espérance de vie de Nene et ainsi réaliser son souhait. Le sacrifice d'Aoi entraîne un autre changement à l'école Kamome : une Rupture radicale entre l'au-delà et le monde des vivants entraînant ainsi la disparition de tous les esprits dont Hanako. Nene, dévastée par la perte de ses proches, va recevoir une visite incongrue...

Akane, Nene et Hanako ont retrouvé leur amie dans la frontière du sixième mystère. Malheureusement, ils se retrouvent face à une Aoi bien différente de d'habitude ! La lycéenne, devenue une fidèle sbire de numéro six, n'hésite pas à trahir ses amis en les propulsant dans une fosse abyssale. Refusant d'être de nouveau séparé de sa précieuse Aoi, Akane décide de l'entraîner dans sa chute. Au fond de ce trou, Nene et Hanako font la découverte d'un monde mystérieux. Ils y rencontrent une jeune fille nommée Sumire, qui semble être une connaissance de numéro six. Seulement, cette jeune prêtresse semble leur réserver quelques surprises...

Alors que la traditionnelle veillée de l'école bat son plein, Aoi se fait enlever par le sixième mystère de l'école, sous le regard impuissant de Nene et Akane ! C es derniers s'élancent immédiatement en quête de leur précieuse amie. Avec tant de mystères de l'école privés de leur pouvoir et alors que l'O-bon, la fête des morts, approche à grand pas, les esprits sont plus instables que jamais. Pour le sixième mystère, Aoi pourrait bien être la clé pour éviter le désastre qui s'annonce à l'école Kamome... Mais à quel prix ?

Shijima, le quatrième mystère, est maintenant prête à aider Nene à retourner dans la réalité. C'est une course contre la montre qui s'engage pour Nene et Kô ! Ils leur restent peu de temps avant que la seule porte de sortie ne se ferme pour de bon et qu'ils finissent piégés à jamais à l'intérieur du tableau. Pour ce faire, ils doivent surmonter un dernier obstacle : Hanako. Le fantôme, de son côté, fait tout ce qui est en son pouvoir pour les empêcher de s'échapper. Dans l'espoir d'enfin le convaincre de les laisser partir, Nene vide son sac !

Amane Yugi a enfin avoué qu'il était bel et bien le Hanako du monde réel. Afin d'éviter à Nene le sort tragique qui l'attend, son plan est de l'enfermer pour toujours dans cet univers fictif. Quand la jeune fille l'apprend, elle reste malgré tout déterminée à retourner dans la réalité. Elle décide alors de se tourner vers Shijima, le quatrième mystère de l'école, afin d'obtenir son aide. Mais l'esprit n'apprécie pas que Nene croit pouvoir aller à l'encontre de son destin. Cela lui rappelle une personne qu'elle a connu par le passé...

Enfermés dans le tableau créé par le quatrième mystère, Shijima, Nene et Kô apprennent par cette dernière qu'ils pourront regagner leur monde uniquement s'ils ôtent la vie d'Amane Yugi, ainsi que celle de Sôsuke Mitsuba. Les deux amis, révulsés par cette idée, préfèrent chercher un autre moyen pour s'échapper de ce paradis infernal. De son côté, Kô tente de convaincre Mitsuba de retourner dans la réalité. Nene, quant à elle, essaie de quitter cet univers pictural en emmenant Amane le plus loin possible à la recherche des limites de ce monde. Mais la jeune fille va se confronter à un obstacle inattendu...

Un beau matin, Nene découvre que Hanako est son camarade de classe. Tout le monde peut le voir et l'appelle Amane. Il ne flotte plus, on peut le toucher et il dégage même de la chaleur ! En somme, il n'a plus rien d'un fantôme ! Étrangement, elle semble être la seule à trouver cela anormal... Kô, de son côté, rencontre le même problème avec Mitsuba. Les deux amis auraient-ils tout imaginé depuis le début ?

Depuis son retour de l'enfer des miroirs, Kô a le moral dans les chaussettes... Nene, voulant aider son ami à se changer les idées, décide de l'inviter à la fête des étoiles. Accompagnés d'Hanako, ils se rendent à celle organisée dans le monde des esprits, normalement interdite aux humains. Une rumeur raconte sur cet événement que celui qui parvient à écrire son souhait sur les cinq papiers à voeux de couleur différente puis à les accrocher au grand bambou verra son voeu assurément réalisé ! Une occasion en or pour Nene et Kô ayant chacun des voeux de la plus grande importance à exaucer !

Mission accomplie ! Il ne reste plus qu'une main à faire disparaître pour que les photos du club de jardinage reviennent à la normale. Mais voilà que la dernière main entraîne Nene à l'intérieur d'un miroir ! De l'autre côté, la jeune assistante fait la rencontre d'un esprit nommé Mitsuba. Ensemble, ils décident de s'allier afin de trouver un moyen de regagner le monde des vivants. Seulement, il semblerait que le maître de cette frontière, ne compte pas les laisser repartir si facilement...

La petite gardienne de l'horloge n'en fait qu'à sa tête  et transforme les élèves en vieilles personnes toutes ridées !  Mais avant que l'école entière ne devienne une maison de retraite,  Hanako décide de former une alliance temporaire avec Akane, le gardien  du présent. L'heure est venue d'user de toutes les ruses, quitte à risquer  de dévoiler le plus terrible des secrets... À peine remis de leurs émotions,  voilà que des apparitions inquiétantes surgissent sur les photos du club  de jardinage, mais le trio pense régler l'affaire en un tour de main !

Tic tac... Osez toucher à l'horloge sans leur autorisation et ses trois gardiens vous retireront le temps qu'il vous reste !Tout ce que  Mitsuba  a laissé derrière lui, sont un appareil photo et d'amers regrets pour  Kô... Quant à  Nene, elle voit son quotidien de nouveau chamboulé lorsqu'un beau garçon l'invite à parler en privé.Une proposition loin d'être innocente puisqu'elle se retrouve en pleine tea party avec le petit frère de  Hanako  et sa mystérieuse assistante. La lycéenne va-t-elle survivre en territoire ennemi ? Un nouveau mystère sème la zizanie dans l'école en détraquant l'écoulement du temps, et le coupable serait cette fois dissimulé parmi les camarades de  Nene  ! Une course contre la montre s'engage pour le trio...

Confrontés au cinquième mystère de l'école, c'est au prix de leur dignité que Nene et Kô parviennent à en apprendre plus sur Hanako. Nene réalise alors que son ami fantôme cache un passé tragique et n'arrive plus à le regarder en face. C'est à grand renfort de donuts que l'atmosphère finit par se détendre. Mais voilà qu'un esprit menaçant fait son apparition et déclare avoir péri des mains de Hanako ! Nene doit-elle vraiment rester l'amie d'un meurtrier ? De son côté, Kô ne souhaitant plus exorciser d'esprits, décide plutôt de les aider à réaliser leur dernière volonté, en commençant par le défunt Mitsuba !

Après avoir frôlé la mort, Nene et Kô sont parvenus à maîtriser  le mystère numéro deux grâce à l'aide de Hanako. Mais bien que  celui-ci ait démis son collègue de ses fonctions, les deux adolescents  ne sont pas au bout de leurs peines. Les rumeurs continuent d'aller bon  train dans l'école, dont celle de l'arbre des amoureux, dont Nene fait  les frais ! Parallèlement, Kô tient tête à son grand frère déterminé  à exorciser Hanako. Et pour cause : Kô, tout comme Nene, commence à s'attacher à ce drôle d'esprit. Dans l'espoir d'en apprendre  plus sur lui, ils s'aventurent seuls dans les "archives de 16 h".  Or, c'est bien connu : la curiosité est un bien vilain défaut...

Une rumeur court sur l'existence de sept mystères qui hantent les murs de  l'école  Kamome. Parmi ces faits inexpliqués, on raconte qu'un esprit du nom de Hanako se trouverait au troisième étage du plus ancien bâtiment et qu'il exaucerait  le  voeu de quiconque viendrait le trouver. En classe de seconde  dans  cet établissement, Nene Yashiro a le béguin pour un garçon. Pourtant, malgré tous ses efforts, cet amour reste à sens unique. La jeune fille ne voit plus qu'une seule solution : s'en remettre à la légende de Hanako, sans se douter qu'accéder au bonheur requiert toujours une contrepartie...

Pour lever la malédiction de la sirène qui la frappait, Nene s'est liée à Hanako. Désormais, elle sera son assistante ! C'est le prix à payer pour son humanité. Mais c'est là le cadet de ses soucis. Un nouveau mystère fait des siennes : le numéro deux, les escaliers Misaki, dont la 4e marche serait un passage vers l'au-delà. Quiconque la foulerait disparaîtrait... pour finir démembré ! Aux côtés de Hanako et Kô Minamoto, un apprenti exorciste ayant juré de rétablir l'ordre dans l'établissement, Nene se jette dans la gueule du loup pour secourir son amie, victime de ce nouveau mystère. Mais il ne faut jamais sous-estimer la puissance des rumeurs...